Login for students

Login for employees

Publication detail

Nalezení vhodného modelu pro popis reakce Taqman Real-Time PCR stanovení fytopatogenní houby Pyrenophora Teres v pletivech hostitele Hordeum Vulgare
Authors: Leišová-Svobodová Leona | Meloun Milan
Year: 2016
Type of publication: ostatní - konference, koncert
Publisher name: Česká společnost chemická
Page from-to: nestránkováno
Titles:
Language Name Abstract Keywords
cze Nalezení vhodného modelu pro popis reakce Taqman Real-Time PCR stanovení fytopatogenní houby Pyrenophora Teres v pletivech hostitele Hordeum Vulgare TaqMan real-time PCR je polymerázová řetězová reakce prováděná v uspořádání v tzv. reálném čase. Součástí reakce jsou primery, které uvozují úsek DNA, který je pomocí Taq polymerázy množen do detekovatelného množství. Detekce probíhá pomocí CCD kamery, která odečítá míru fluorescence při vlnové délce, kterou vyzařuje použitý zářič navázaný na 5´ konci tzv. TaqMan sondy. Tato sonda se na základě komplementarity váže do cíleného úseku DNA ohraničeného výše zmíněnými primery. Na 3´ konci osahuje tzv. zhášeč, kterému zářič předává energii, a proto není detekována fluorescence při sledované vlnové délce zářiče. Ve chvíli, kdy dojde k navázání primerů a polymeráza syntetizuje komplementární řetězec, dojde díky 5´- 3´exonukleázové aktivitě Taq polymerázy k degradaci sondy. Zářič a zhášeč se od sebe oddálí a energie zářiče již není zhášena, ale detekována jako růst fluorescence při sledované vlnové délce zářiče. Cyklus PCR, ve kterém hodnota fluorescence překročí hodnotu fuorescence pozadí se nazývá Ct hodnota a je programem odečítána pro vypočtení kalibrační křivky a další zpracování dat. Bylo a je snahou mnoha autorů matematicky popsat průběh reakce a bylo navrženo několik modelů: logistický model se 4 parametry1, logistický model s 5 parametry2, sigmoidální model3, Gompertzův model4 a Chapmanův model5. Cílem této práce bylo porovnat uvedené modely a zvolit ten nejlepší pro výpočet Ct hodnot pro navržení kalibrační křivky stanovení fytopatogenní houby Pyrenophora teres v pletivech hostitele. Jako nejvhodnější byl na základě kritérií AIC, MEP, s(e) a RSC zvolen logistický model s 5 parametry, kde parametr p1 představuje hodnotu fluorescence pozadí, parametr p2 je rozdíl mezi maximální hodnotou fluorescence dosaženou v průběhu reakce a hodnotou fluorescence na počátku reakce, parametr p3 představuje cyklus, v průběhu kterého dojde k dosažení poloviční hodnoty fluorescence a parametry p4 a p5 nemají přímý fyzikální smysl, popisují tvar reakční křivky. Nalezení modelu; popis reakce Taqman; Real-Time; PCR; fytopatogenní; houba; Pyrenophora; Teres; Hordeum; Vulgare

Departments

Other Parts

Map

en.mapy.cz

Services

Popular Links

© 2023 University of Pardubice, Studentská 95, 532 10 Pardubice 2
Phone: +420 466 036 111, 466 036 112, 466 036 113
Webmaster, RSS
Data box ID: f5vj9hu
Accessibility Statement
CC BY-NC-ND 4.0Creative CommonsAttributionNonCommercialNoDerivatives