Publication detail

MALDI Orbitrap Mass Spectrometry Profiling of Dysregulated Sulfoglycosphingolipids in Renal Cell Carcinoma Tissues

Year: 2017

Type of publication: článek v odborném periodiku

Name of source: Journal of the American Society for Mass Spectrometry

Page from-to: 1562-1574

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Profilování dysregulovaných sulfoglykosfingolipidů v tkáních s buněčným renálním karcinomem s využitím MALDI Orbitrap hmotnostní spektrometrie	V této práci byla použita desorpční laserová ionizicace za účasti matrice ve spojení s orbitální pastí pro klinickou studii pacientů s renálním buněčným karcinomem. Ve vzorcích ledvinové tkáně nádoru a okolní nenapadené tkáně byly nalezeny výrazné změny ve složení sulfoglykosphingolipidů. Nejprve je ve článku popsán postup identifikace jednotlivých sulfatidů s využitím vysokého rozlišení, správnosti určení hmoty a tandemové hmotnostní spektrometrie. Následně je diskutována optimalizace metody, validace a statistickévyhodnocení MALDI-MS dat pro 158 vzorků 80 pacientů.	Karcinom ledvinových buněk; MALDI; Hmotnostní spektrometrie Orbitrap; Sulfoglykosfingolipidy; Sulfatidy
eng	MALDI Orbitrap Mass Spectrometry Profiling of Dysregulated Sulfoglycosphingolipids in Renal Cell Carcinoma Tissues	Matrix-assisted laser desorption/ionization coupled with Orbitrap mass spectrometry (MALDI-Orbitrap-MS) is used for the clinical study of patients with renal cell carcinoma (RCC), as the most common type of kidney cancer. Significant changes in sulfoglycosphingolipid abundances between tumor and autologous normal kidney tissues are observed. First, sulfoglycosphingolipid species in studied RCC samples are identified using high mass accuracy full scan and tandem mass spectra. Subsequently, optimization, method validation, and statistical evaluation of MALDI-MS data for 158 tissues of 80 patients are discussed. More than 120 sulfoglycosphingolipids containing one to five hexosyl units are identified in human RCC samples based on the systematic study of their fragmentation behavior. Many of them are recorded here for the first time. Multivariate data analysis (MDA) methods, i.e., unsupervised principal component analysis (PCA) and supervised orthogonal partial least square discriminant analysis (OPLS-DA), are used for the visualization of differences between normal and tumor samples to reveal the most up- and downregulated lipids in tumor tissues. Obtained results are closely correlated with MALDI mass spectrometry imaging (MSI) and histologic staining. Important steps of the present MALDI-Orbitrap-MS approach are also discussed, such as the selection of best matrix, correct normalization, validation for semiquantitative study, and problems with possible isobaric interferences on closed masses in full scan mass spectra.	Renal cell carcinoma; MALDI; Orbitrap mass spectrometry; Sulfoglycosphingolipids; Sulfatide

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Departments

Other Parts

Map

Services

Popular Links