Publication detail

Correlation of lipidomic composition of cell lines and tissues of breast cancer patients using hydrophilic interaction liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry and multivariate data analysis

Year: 2017

Type of publication: článek v odborném periodiku

Name of source: Rapid Communication in Mass Spectrometry

Page from-to: 253-263

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Korelace lipidomického složení buněčných linií a tkání u pacientů s karcinomem prsu s použitím hydrofilní interakční chromatografie ve spojení s hmotnostně spektrometrickou detekcí	Cílem této práce je porovnání rozdílů ve složení lipidomu lidských buněčných linií pocházejících z normálních a rakovinných prsních tkání a nádorů získaným po operaci pacientů s karcinomem prsu. K určení lipidomického složení extraktů buněčných linií a tkání byla použita hydrofilní interakční chromatografie spojená s hmotnostní spektrometrií a ionizací elektrosprejem (HILIC / ESI-MS). Pro vizualizaci rozdílů mezi normálními a nádorovými buňkami byly použity metody multivariační analýzy dat (MDA), analýza hlavních komponent (PCA), hierarchická analýza shluků (HCA) a ortogonální diskriminační analýza (OPLS-DA). Metody MDA se používají pro diferenciaci skupin vzorků a také pro identifikaci up-regulovaných a down-regulovaných lipidů v nádorových vzorcích ve srovnání s normálními vzorky. Pozorované změny jsou následně korelovány s daty z nádorových a normálních tkání pacientů s karcinomem prsu. Celkem bylo identifikováno 123 druhů lipidů.	Lipidomika; buněčné line; rakovina prsu; HILIC
eng	Correlation of lipidomic composition of cell lines and tissues of breast cancer patients using hydrophilic interaction liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry and multivariate data analysis	The goal of this work is the comparison of differences in the lipidomic compositions of human cell lines derived from normal and cancerous breast tissues, and tumor vs. normal tissues obtained after the surgery of breast cancer patients. Hydrophilic interaction liquid chromatography/electrospray ionization mass spectrometry (HILIC/ESI-MS) using the single internal standard approach and response factors is used for the determination of relative abundances of individual lipid species from five lipid classes in total lipid extracts of cell lines and tissues. The supplementary information on the fatty acyl composition is obtained by gas chromatography/mass spectrometry (GC/MS) of fatty acid methyl esters. Multivariate data analysis (MDA) methods, such as nonsupervised principal component analysis (PCA), hierarchical clustering analysis (HCA) and supervised orthogonal partial least-squares discriminant analysis (OPLS-DA), are used for the visualization of differences between normal and tumor samples and the correlation of similarity between cell lines and tissues either for tumor or normal samples. MDA methods are used for differentiation of sample groups and also for identification of the most up- and downregulated lipids in tumor samples in comparison to normal samples. Observed changes are subsequently generalized and correlated with data from tumor and normal tissues of breast cancer patients. In total, 123 lipid species are identified based on their retention behavior in HILIC and observed ions in ESI mass spectra, and relative abundances are determined. MDA methods are applied for a clear differentiation between tumor and normal samples both for cell lines and tissues. The most upregulated lipids are phospholipids (PL) with a low degree of unsaturation (e.g., 32:1 and 34:1) and also some highly polyunsaturated PL (e.g., 40:6), while the most downregulated lipids are PL containing polyunsaturated fatty acyls (e.g., 20:4), plasmalogens and ether lipids.	Lipidomic; Cell lines; Breast cancer; HILIC;

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Departments

Other Parts

Map

Services

Popular Links