Login for students

Login for employees

Publication detail

HILIC/ESI-MS determination of gangliosides and other polar lipid classes in renal cell carcinoma and surrounding normal tissues
Authors: Hájek Roman | Lísa Miroslav | Khaliková Mária | Jirásko Robert | Cífková Eva | Študent Vladimír | Vrána David | Opálka Lukáš | Vávrová Kateřina | Matzenauer Marcel | Melichar Bohuslav | Holčapek Michal
Year: 2018
Type of publication: článek v odborném periodiku
Name of source: Analytical and Bioanalytical Chemistry
Page from-to: 6585-6594
Titles:
Language Name Abstract Keywords
cze HILIC / ESI-MS stanovení gangliosidů a dalších tříd polárních lipidů v karcinomu ledvinových buněk a v normální tkáni. Pro kvantitativní analýzu gangliosidu (GM3) a dalších tříd polárních lipidů, jako jsou sulfohexosylceramidy (SulfoHexCer), sulfodihexosylceramidy (SulfoHex2Cer), fosfatidylglyceroly, byla optimalizována metoda hydrofilní interakční kapalinová chromatografie s detekcí pomocí hmotnostní spekrometrie a ionizací elektrosprejem (HILIC / ESI-MS). Metoda byla optimalizována pro kvantitativní analýzu (PG), fosfatidylinositoly (PI), lysofosfatidylinositoly (LPI) a fosfatidylseriny (PS). Metoda je plně validována pro kvantifikaci studovaných lipidů v ledvinové zdravé tkáni a nádorové tkáni pacientů s karcinomem ledvinných buněk (RCC) na základě separace tříd lipidů a koeluce vnitřního standardu se stejnou třídou lipidů. Surová data byla poloautomaticky zpracovány pomocí našeho softwaru LipidQuant a statisticky vyhodnocována metodami multivariační analýzy dat (MDA). Celkem bylo ve vodné fázi lipidomických extraktů tkání ledvinových nádorů a zdravé tkání stanoveno 21 GM3, 28 SulfoHexCer, 26 SulfoHex2Cer, 10 PG, 19 PI, 4 LPI a 7 PS. S-plot grafy umožňují identifikaci nejvíce upregulovaných (PI 40: 5, PI 40: 4, GM3 34: 1 a GM3 42: 2) a nejvíce downregulated (PI 32: 0, PI 34: a LPI 16: 0), které jsou primárně odpovědné za diferenciaci nádorových a normálních skupin. Další potvrzení většiny dysregulovaných lipidů se provádí výpočtem hodnot T a p pro určení jejich statistické významnosti. Srovnání údajů z HILIC / ESI-MS a matricové laserové desorpce (MALDI-MSI) potvrzuje, že modely lipidové regulace jsou podobné u obou metod. Gangliosidy; HILIC; Lipidomika; Lipidy; Hmotnostní spektrometrie; Nádorvé buňky; Rakovina ledvin
eng HILIC/ESI-MS determination of gangliosides and other polar lipid classes in renal cell carcinoma and surrounding normal tissues Negative-ion hydrophilic liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry (HILIC/ESI-MS) method has been optimized for the quantitative analysis of ganglioside (GM3) and other polar lipid classes, such as sulfohexosylceramides (SulfoHexCer), sulfodihexosylceramides (SulfoHex2Cer), phosphatidylglycerols (PG), phosphatidylinositols (PI), lysophosphatidylinositols (LPI), and phosphatidylserines (PS). The method is fully validated for the quantitation of the studied lipids in kidney normal and tumor tissues of renal cell carcinoma (RCC) patients based on the lipid class separation and the coelution of lipid class internal standard with the species from the same lipid class. The raw data are semi-automatically processed using our software LipidQuant and statistically evaluated using multivariate data analysis (MDA) methods, which allows the complete differentiation of both groups with 100% specificity and sensitivity. In total, 21 GM3, 28 SulfoHexCer, 26 SulfoHex2Cer, 10 PG, 19 PI, 4 LPI, and 7 PS are determined in the aqueous phase of lipidomic extracts from kidney tumor tissue samples and surrounding normal tissue samples of 20 RCC patients. S-plots allow the identification of most upregulated (PI 40:5, PI 40:4, GM3 34:1, and GM3 42:2) and most downregulated (PI 32:0, PI 34:0, PS 36:4, and LPI 16:0) lipids, which are primarily responsible for the differentiation of tumor and normal groups. Another confirmation of most dysregulated lipids is performed by the calculation of fold changes together with T and p values to highlight their statistical significance. The comparison of HILIC/ESI-MS data and matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric imaging (MALDI-MSI) data confirms that lipid dysregulation patterns are similar for both methods. Gangliosides; HILIC; Lipidomics; Lipids; Mass spectrometry; Renal cell carcinoma; Tumor tissues

Departments

Other Parts

Map

en.mapy.cz

Services

Popular Links

© 2023 University of Pardubice, Studentská 95, 532 10 Pardubice 2
Phone: +420 466 036 111, 466 036 112, 466 036 113
Webmaster, RSS
Data box ID: f5vj9hu
Accessibility Statement
CC BY-NC-ND 4.0Creative CommonsAttributionNonCommercialNoDerivatives