University of PardubiceFaculty of Chemical Technology

University

Employees
|
Students
Česky

Publication detail

Lipidomické profilování biologických vzorků: Reverzní fáze UHPLC/MS jako nástroj pro kvantitativní analýzu

Authors: Vaňková Zuzana | Peterka Ondřej | Jirásko Robert | Holčapek Michal

Year: 2022

Type of publication: ostatní - přednáška nebo poster

Page from-to: nestránkováno

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Lipidomické profilování biologických vzorků: Reverzní fáze UHPLC/MS jako nástroj pro kvantitativní analýzu	Lipidomika je podskupina metabolomiky zaměřená na analýzu lipidů. Lipidy hrají v buňkách důležitou roli a jejich dysregulace souvisí se závažnými onemocněními, např. různými typy rakoviny. Primární technikou analýzy lipidů je hmotnostní spektrometrie a spojení s metodami separace umožňuje identifikaci a kvantifikaci velkého množství lipidů z různých kategorií lipidů. Cílem této práce bylo vyvinout robustní a vysoce výkonnou kvantitativní metodu pro analýzu sérových vzorků pacientů s karcinomem pankreatu (PDAC). Tyto experimenty byly provedeny s použitím ultra-vysokoúčinné kapalinové chromatografie s reverzní fází ve spojení s hmotnostní spektrometrií s vysokým rozlišením (RP-UHPLC/MS). Díky retenčnímu chování lipidových druhů v RP režimu dokáže tato metodika rozlišit isobarické molekuly, a tím kvantifikovat významnější počet molekul než v případě jiných přístupů separace lipidových tříd. Pro kvantifikaci jednotlivých lipidů byla použita směs 29 interních standardů ze 14 podtříd lipidů. Data byla zpracována s využitím Waters nástrojů. Software Simca byl použit pro multivariační analýzu dat, kde byly použity metody statistické projekce (např. PCA, OPLS-DA, S-plot, VIP hodnoty a box ploty) pro vizualizaci výsledků. Zjednodušená síť metabolismu lipidů (vytvořená v softwaru Cytoscape) představuje výsledky T-testu, který slouží k porovnání zdravých kontrol a pacientů s rakovinou.	Lipidomika; biologické vzorky; reverzní fáze; UHPLC/MS
eng	Lipidomic profiling of biological samples: Reversed-Phase UHPLC/MS as a tool for quantitative analysis	Lipidomics is a subgroup of metabolomics aimed at the analysis of lipid species. Lipids play important roles in cells, and their dysregulation is related to serious diseases, e.g., various types of cancer. Mass spectrometry is the primary technique for lipid analysis, and connection with separation methods enables the identification and quantification of a large number of lipids from various lipid categories. This work aimed to develop a robust and high-throughput quantitative method for analysis of the serum samples of pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) patients. These experiments were performed using reversed-phase ultrahigh performance liquid chromatography coupled with high-resolution mass spectrometry (RP-UHPLC/MS). Due to the retention behavior of the lipid species in the RP mode, this methodology can distinguish isobaric molecules and thus quantify a more significant number of molecules than in the case of other lipid classes separation approaches. For the quantification of individual lipids, a mixture of 29 internal standards from 14 lipid subclasses was used. Data were processed utilizing Waters tools. Simca software was exercised for multivariate data analysis, where statistical projection methods (e.g., PCA, OPLS-DA, S-plot, VIP values, and box plots) were applied to visualize the results. A simplified lipid metabolism network (created in Cytoscape software) presents the T-test results used to compare healthy controls and cancer patients.	Lipidomics; biological samples; reversed-phase; UHPLC/MS