Publication detail

Lipid Quant 2.1: Open-source software for identification and quantification of lipids measured by lipid class separation QTOF high-resolution mass spectrometry methods

Year: 2024

Type of publication: článek v odborném periodiku

Name of source: Chemometrics and Intelligent Laboratory Systems

Publisher name: Elsevier Science BV

Place: Amsterdam

Page from-to: 105169

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Lipid Quant 2.1: Open-source software pro identifikaci a kvantifikaci lipidů měřených metodami separace lipidových tříd pomocí QTOF hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením.	LipidQuant 2.1 je software napsaný v prostředí Matlab, navržený pro vysoce výkonné zpracování rozsáhlých lipidomických datových souborů měřených metodami separace lipidových tříd ve spojení s hmotnostní spektrometrií s vysokým rozlišením a časově-rozlišujícím analyzátorem (QTOF-MS). Software umožňuje identifikaci lipidových druhů na základě definované přesnosti hmoty. Hlavním zaměřením je přesná kvantifikace lipidů za použití alespoň jednoho interního standardu na lipidovou třídu a implementace automatizovaného postupu pro izotopové korekce typu I a typu II, které jsou nezbytné pro stanovení přesných molárních koncentrací, což většině stávajících softwarových řešení chybí. LipidQuant 2.1 nabízí tři možnosti přiřazení píků, vizualizaci izotopového vzoru a automatizovaný výpočet hodnot m/z pro různé iontové adukty. Počáteční lipidomická databáze obsahuje 31 lipidových tříd s více než 2900 lipidovými druhy, které se primárně vyskytují v lidském lipidomu, ale uživatelé mají plnou flexibilitu pro úpravu a rozšíření databáze podle svých potřeb. Všechny algoritmy a podrobný uživatelský manuál jsou k dispozici. Spolehlivost LipidQuant 2.1 je demonstrována na souboru více než 250 biologických vzorků analyzovaných metodou ultravýkonné superkritické kapalinové chromatografie (UHPSFC) ve spojení s QTOF-MS.	Lipidomika; Separace lipidových tříd; Hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením; Kvantifikace; Software pro lipidomiku; Izotopová korekce
eng	Lipid Quant 2.1: Open-source software for identification and quantification of lipids measured by lipid class separation QTOF high-resolution mass spectrometry methods	LipidQuant 2.1 is a software written in Matlab, which is designed for the high -throughput processing of large lipidomic data sets measured by lipid class separation coupled with quadrupole time -of -flight (QTOF) highresolution mass spectrometry (MS). The software enables the identification of lipid species based on defined mass accuracy. The main focus is on the right lipidomic quantitation using at least one internal standard per lipid class and the implementation of an automated procedure for Type I and Type II isotopic corrections necessary for the determination of accurate molar concentrations, which is not available for the majority of existing software solutions. LipidQuant 2.1 offers three options for peak assignment, visualization of the isotopic pattern, and automated calculation of m/z for various adduct ions. The initial lipidomic database covers 31 lipid classes with more than 2900 lipid species that occur primarily in the human lipidome, but users have the full flexibility to modify and extend the database according to their needs. All algorithms and the detailed user manual are provided. The reliability of LipidQuant 2.1 is demonstrated on a set of more than 250 biological samples measured by ultrahigh -performance supercritical liquid chromatography (UHPSFC) coupled with QTOF-MS.	Lipidomics; Lipid class separation; High -resolution mass spectrometry; Quantitation; Lipidomics software; Isotopic correction

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Departments

Other Parts

Map

Services

Popular Links