Publication detail

Bioinformatics combined with epitope extraction technique: excellent tool for structural analysis of potentional allergenic epitopes

Year: 2009

Type of publication: ostatní - článek ve sborníku

Name of source: Amino Acids

Publisher name: Springer

Page from-to: 94-94

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Bioinformatika kombinovaná s technikou epitope extraction: excelentní nástroj pro strukturní analýzu potenciálních alergenních epitopů	Bioinformatika se zabývá aplikací informační technologie v oblasti molekulární biologie. Imunitní systém představuje rozsáhlé vědecké pole, kde má bioinformatika velký vliv. Imunitní systém reaguje úseky zvané epitopy a významným úkolem je vyvinout metody pro jejich predikci a identifikaci. V této studii jsme využili nástroje bioinformatiky pro strukturní analýzu fragmentu ovalbuminu 371-382, jež byl identifikován jako potenciální alergenní epitop technikou mikrofluidní magnetické epitopové extrakce. Poloha a přístupnost tohoto fragmentu byly stanoveny promítnutím lineární peptidové sekvence do 3-D struktury alergenu. Úsek 377-382 je součástí C-koncové anti-paralelní beta-struktury v jádru proteinu a úsek 371-376 tvoří smyčku bez sekundární struktury vystavenou na povrchu proteinu. Byla provedena také detailní analýza zahrnující výpočet přístupnosti jednotlivých aminokyselinových zbytků v peptidu. Pozorované výsledky potvrzují částečnou přístupnost studovaného fragmentu imunitnímu systému.	ovalbumin;potravinové alergeny;epitope extraction;bioinformatika
eng	Bioinformatics combined with epitope extraction technique: excellent tool for structural analysis of potentional allergenic epitopes	Bioinformatics is concerned with application of information technology to the field of molecular biology. The immune system represents a large scientific field where bioinformatics make a large impact. The immune system reacts to epitopes and a major task is to develop methods for their prediction and identification. We applied bioinformatics tools for structural study of the ovalbumin fragment 371-382, which was identified as potential allergenic epitope by using microfluidic magnetic force-based epitope extraction technique. Its location and accessibility were determinate by aligning linear peptide sequence to the 3-D allergen structure. Residues 377-382 are part of the C-terminal anti-parallel β-sheet in the core of the protein structure and residues 371-376 form a loop connecting with no particular secondary structure exposed to the protein surface. Quantification of the solvent accessibility was also performed. Observed results confirmed partial accessibility of target fragment to immune system.	ovalbumin;food allergens;epitope extraction;bioinformatics

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Departments

Other Parts

Map

Services

Popular Links