Publication detail

Bioaffinity magnetic reactor for peptide digestion followed by analysis using bottom-up shotgun proteomics strategy

Year: 2008

Type of publication: článek v odborném periodiku

Name of source: Journal of Separation Science

Publisher name: Wiley-VCH

Place: Weinheim

Page from-to: 507-515

Titles:

Language	Name	Abstract	Keywords
cze	Bioaffinitní magnetický reaktor pro štěpení peptidůs následnou analýzou pomocí bottom-up shotgun proteomické strategie	Uvádíme účinnou a jednoduchou metodu pro lepší analýzu a identifikaci peptidů a proteinů v komplexní směsi solubilních proteinů, buněčných lyzátů atd. Použitím shotgun proteomické metody v kombinaci s bioafinitní purifikací lze odstranit nebo minimalizovat interferující kontaminaci komplexních tryptických peptidů a tím se vyhnout časově náročným separačním krokům před finální MS analýzou. Enzymatickým štěpením (endoproteinázy s Arg-C or/a Lys-C specifitou) spolu s izolací specifických peptidů lze získat tzv. "simplified peptide mixture" pro snadnější identifikaci výchozího proteinu. Pro tento postup byl vyvinut nový bioafinitní sorbent. Anhydrotrypsin (AHT), inaktivní derivát trypsin s afinitou pro peptidy s argininem (Arg) nebo lysinem (Lys) na C-konci molekuly byl imobilizován na micro/nanopartikule se superparamagnetickými vlastnostmi (silikagelové magnetitové partikule SiMAG - Carboxyl, Chemicell, Německo). AHT nosič s danou vazebnou kapacitou (26.8 nmol/mg nosiče) byl testován s modelovým peptidem, lidským neurotensinem, a výsledná MS spektra potvrdila funkčnost tohoto postupu.	Anhydrotrypsin, Magnetické částice, Shotgun proteomika, Tryptické peptidy
eng	Bioaffinity magnetic reactor for peptide digestion followed by analysis using bottom-up shotgun proteomics strategy	We report an efficient and streamlined way to improve the analysis and identification of peptides and proteins in complex mixtures of soluble proteins, cell lysates etc. By using the shotgun proteomics methodology combined with bioaffinity purification we can remove or minimize the interference contamination of a complex tryptic digest and so avoid the time-consuming separation steps before the final MS analysis. We have proved that by means of enzymatic fragmentation (endoproteinases with Arg-C or/and, Lys-C specificity) connected with the isolation of specific peptides we can obtain a simplified peptide mixture for easier identification of the entire protein. A new bioaffinity sorbent was developed for this purpose. Anhydrotrypsin (AHT), an inactive form of trypsin with an affinity for peptides with arginine (Arg) or lysine (Lys) at the C-terminus, was immobilized onto micro/nanoparticles with superparamagnetic properties (silica magnetite particles SiMAG ? Carboxyl, Chemicell, Germany). This AHT carrier with a determined binding capacity (26.8 nmol/mg of carrier) was tested with a model peptide, human neurotensin, and the resulting MS spectra confirmed the validity of this approach.	Anhydrotrypsin, Magnetic microspheres, Shotgun proteomics, Tryptic peptides

Search

Login for students

Login for employees

Publication detail

Departments

Other Parts

Map

Services

Popular Links