Login for students

Login for employees

Publication detail

Optimalizace značení oligo RNA a jejich využití k porovnání metod izolace miRNA z lymfatických nádorových buněk
Authors: Smělá Denisa | Kročová Eliška | Kupčík Rudolf | Bílková Zuzana
Year: 2018
Type of publication: ostatní - přednáška nebo poster
Page from-to: nestránkováno
Titles:
Language Name Abstract Keywords
cze Optimalizace značení oligo RNA a jejich využití k porovnání metod izolace miRNA z lymfatických nádorových buněk Molekuly miRNA patří mezi krátké RNA, které regulují genovou expresi na post-transkripční úrovni. Změna exprese miRNA může vést k patologii a je spojována s různými nádorovými onemocněními. Z tohoto důvodu jsou často analyzovány RT-qPCR či metodami sekvenování nové generace. Pro izolaci RNA z biologického materiálu se používají komerčně dostupné soupravy. Není proto běžné, že by výstupní kvalita vzorku byla kontrolována jinak, než stanovením celkové koncentrace RNA. Chceme-li se ale zaměřit na analýzu krátkých RNA molekul, měli bychom sledovat, s jakou účinností jsou izolovány. Rozhodli jsme se proto porovnat relativní výtěžnosti miRNA tří komerčně dostupných metod, lišících se principem izolace RNA. TRIzolTM Reagent je založen na fenol-chloroformové extrakci, díky které získáváme celkovou RNA. Fenol-chloroformovou extrakci využívá v kombinaci s extrakcí na pevnou fázi také mirVanaTM miRNA Isolation Kit. MirVanaTM nabízí možnost izolace jak celkové RNA, tak i RNA kratších než 200 nukleotidů. Další testovanou metodou byl MagMAXTM mirVanaTM Total RNA Isolation Kit, který umožňuje zisk celkové RNA. Využívá k tomu extrakci na pevnou fázi, kterou jsou v tomto případě magnetické částice. Výchozím materiálem byly T‑ a B-lymfatické nádorové linie JURKAT a RAJI. Srovnáním jsme zjistili, že pro izolaci miRNA je nejvýhodnější TRIzolTM Reagent, který poskytoval nejvyšší relativní výtěžnost. Největší ztráty v průběhu experimentu byly pozorovány u MagMAXTM mirVanaTM Total RNA Isolation Kit. Zvolené metody byly porovnány z hlediska relativní výtěžnosti oligo RNA, a proto byla k detekci vybrána elektroforetická separace se zaměřením na účinné dělení oligo RNA. Zde bylo nutné najít dostatečně citlivý systém detekce krátkých jednovláknových molekul. K otestování a optimalizaci byly vybrány tři možnosti barvení RNA – SYBRTM Safe, SYBRTM Green II a Toluidine Blue O. Jako nejlepší se pro vizualizaci oligo RNA jeví SYBRTM Green II, kterým byla detekována i oligo RNA dlouhá 10 nukleotidů.

Departments

Other Parts

Map

en.mapy.cz

Services

Popular Links

© 2023 University of Pardubice, Studentská 95, 532 10 Pardubice 2
Phone: +420 466 036 111, 466 036 112, 466 036 113
Webmaster, RSS
Data box ID: f5vj9hu
Accessibility Statement
CC BY-NC-ND 4.0Creative CommonsAttributionNonCommercialNoDerivatives