Publikace detail

HILIC/ESI-MS determination of gangliosides and other polar lipid classes in renal cell carcinoma and surrounding normal tissues

Rok: 2018

Druh publikace: článek v odborném periodiku

Název zdroje: Analytical and Bioanalytical Chemistry

Strana od-do: 6585-6594

Tituly:

Jazyk	Název	Abstrakt	Klíčová slova
cze	HILIC / ESI-MS stanovení gangliosidů a dalších tříd polárních lipidů v karcinomu ledvinových buněk a v normální tkáni.	Pro kvantitativní analýzu gangliosidu (GM3) a dalších tříd polárních lipidů, jako jsou sulfohexosylceramidy (SulfoHexCer), sulfodihexosylceramidy (SulfoHex2Cer), fosfatidylglyceroly, byla optimalizována metoda hydrofilní interakční kapalinová chromatografie s detekcí pomocí hmotnostní spekrometrie a ionizací elektrosprejem (HILIC / ESI-MS). Metoda byla optimalizována pro kvantitativní analýzu (PG), fosfatidylinositoly (PI), lysofosfatidylinositoly (LPI) a fosfatidylseriny (PS). Metoda je plně validována pro kvantifikaci studovaných lipidů v ledvinové zdravé tkáni a nádorové tkáni pacientů s karcinomem ledvinných buněk (RCC) na základě separace tříd lipidů a koeluce vnitřního standardu se stejnou třídou lipidů. Surová data byla poloautomaticky zpracovány pomocí našeho softwaru LipidQuant a statisticky vyhodnocována metodami multivariační analýzy dat (MDA). Celkem bylo ve vodné fázi lipidomických extraktů tkání ledvinových nádorů a zdravé tkání stanoveno 21 GM3, 28 SulfoHexCer, 26 SulfoHex2Cer, 10 PG, 19 PI, 4 LPI a 7 PS. S-plot grafy umožňují identifikaci nejvíce upregulovaných (PI 40: 5, PI 40: 4, GM3 34: 1 a GM3 42: 2) a nejvíce downregulated (PI 32: 0, PI 34: a LPI 16: 0), které jsou primárně odpovědné za diferenciaci nádorových a normálních skupin. Další potvrzení většiny dysregulovaných lipidů se provádí výpočtem hodnot T a p pro určení jejich statistické významnosti. Srovnání údajů z HILIC / ESI-MS a matricové laserové desorpce (MALDI-MSI) potvrzuje, že modely lipidové regulace jsou podobné u obou metod.	Gangliosidy; HILIC; Lipidomika; Lipidy; Hmotnostní spektrometrie; Nádorvé buňky; Rakovina ledvin
eng	HILIC/ESI-MS determination of gangliosides and other polar lipid classes in renal cell carcinoma and surrounding normal tissues	Negative-ion hydrophilic liquid chromatography-electrospray ionization mass spectrometry (HILIC/ESI-MS) method has been optimized for the quantitative analysis of ganglioside (GM3) and other polar lipid classes, such as sulfohexosylceramides (SulfoHexCer), sulfodihexosylceramides (SulfoHex2Cer), phosphatidylglycerols (PG), phosphatidylinositols (PI), lysophosphatidylinositols (LPI), and phosphatidylserines (PS). The method is fully validated for the quantitation of the studied lipids in kidney normal and tumor tissues of renal cell carcinoma (RCC) patients based on the lipid class separation and the coelution of lipid class internal standard with the species from the same lipid class. The raw data are semi-automatically processed using our software LipidQuant and statistically evaluated using multivariate data analysis (MDA) methods, which allows the complete differentiation of both groups with 100% specificity and sensitivity. In total, 21 GM3, 28 SulfoHexCer, 26 SulfoHex2Cer, 10 PG, 19 PI, 4 LPI, and 7 PS are determined in the aqueous phase of lipidomic extracts from kidney tumor tissue samples and surrounding normal tissue samples of 20 RCC patients. S-plots allow the identification of most upregulated (PI 40:5, PI 40:4, GM3 34:1, and GM3 42:2) and most downregulated (PI 32:0, PI 34:0, PS 36:4, and LPI 16:0) lipids, which are primarily responsible for the differentiation of tumor and normal groups. Another confirmation of most dysregulated lipids is performed by the calculation of fold changes together with T and p values to highlight their statistical significance. The comparison of HILIC/ESI-MS data and matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometric imaging (MALDI-MSI) data confirms that lipid dysregulation patterns are similar for both methods.	Gangliosides; HILIC; Lipidomics; Lipids; Mass spectrometry; Renal cell carcinoma; Tumor tissues

Vyhledávání

Přihlášení pro studenty

Přihlášení pro zaměstnance

Publikace detail

Katedry

Ústavy a pracoviště

Jak nás najdete?

Služby

Často hledáte