Univerzita Pardubice Fakulta chemicko- technologická

Univerzita Pardubice

Zaměstnanci
|
Studenti
English

Publikace detail

LipidQuant 1.0: automated data processing in lipid class separation–mass spectrometry quantitative workflows

Autoři: Wolrab Denise | Cífková Eva | Čáň Pavel | Lísa Miroslav | Peterka Ondřej | Chocholoušková Michaela | Jirásko Robert | Holčapek Michal

Rok: 2021

Druh publikace: článek v odborném periodiku

Název zdroje: Bioinformatics

Strana od-do: 4591-4592

Tituly:

Jazyk	Název	Abstrakt	Klíčová slova
cze	LipidQuant 1.0: automatizované zpracování dat při oddělování lipidových tříd – kvantitativní pracovní postupy hmotnostní spektrometrie	Představujeme LipidQuant 1.0 pro automatizované zpracování datových pracovních postupů v lipidomické kvantifikaci založené na oddělení lipidové třídy ve spojení s hmotnostní spektrometrií s vysokým rozlišením. Pracovní postupy separace lipidové třídy, jako je hydrofilní interakční kapalinová chromatografie nebo superkritická kapalinová chromatografie, by měly být preferovány v lipidomické kvantifikaci z důvodu koionizace vnitřních standardů lipidové třídy analyty ze stejné třídy. Jednotlivé kroky jsou v pracovním postupu LipidQuant vysvětleny, včetně identifikace lipidů, kvantifikace, izotopické korekce a vykazování výsledků. Ukazujeme aplikaci zpracování dat LipidQuant na malou kohortu vzorků lidského séra.	LipidQuant; Lipidy; Hmotnostní spektrometrie; Kvantifikace; Lipidomika
eng	LipidQuant 1.0: automated data processing in lipid class separation–mass spectrometry quantitative workflows	We present the LipidQuant 1.0 tool for automated data processing workflows in lipidomic quantitation based on lipid class separation coupled with high-resolution mass spectrometry. Lipid class separation workflows, such as hydrophilic interaction liquid chromatography or supercritical fluid chromatography, should be preferred in lipidomic quantitation due to the coionization of lipid class internal standards with analytes from the same class. The individual steps in the LipidQuant workflow are explained, including lipid identification, quantitation, isotopic correc- tion and reporting results. We show the application of LipidQuant data processing to a small cohort of human serum samples.	LipidQuant; Lipids; Mass spectrometry; Quantification; Lipidomics