Publikace detail

Bioaffinity magnetic reactor for peptide digestion followed by analysis using bottom-up shotgun proteomics strategy

Rok: 2008

Druh publikace: článek v odborném periodiku

Název zdroje: Journal of Separation Science

Název nakladatele: Wiley-VCH

Místo vydání: Weinheim

Strana od-do: 507-515

Tituly:

Jazyk	Název	Abstrakt	Klíčová slova
cze	Bioaffinitní magnetický reaktor pro štěpení peptidůs následnou analýzou pomocí bottom-up shotgun proteomické strategie	Uvádíme účinnou a jednoduchou metodu pro lepší analýzu a identifikaci peptidů a proteinů v komplexní směsi solubilních proteinů, buněčných lyzátů atd. Použitím shotgun proteomické metody v kombinaci s bioafinitní purifikací lze odstranit nebo minimalizovat interferující kontaminaci komplexních tryptických peptidů a tím se vyhnout časově náročným separačním krokům před finální MS analýzou. Enzymatickým štěpením (endoproteinázy s Arg-C or/a Lys-C specifitou) spolu s izolací specifických peptidů lze získat tzv. "simplified peptide mixture" pro snadnější identifikaci výchozího proteinu. Pro tento postup byl vyvinut nový bioafinitní sorbent. Anhydrotrypsin (AHT), inaktivní derivát trypsin s afinitou pro peptidy s argininem (Arg) nebo lysinem (Lys) na C-konci molekuly byl imobilizován na micro/nanopartikule se superparamagnetickými vlastnostmi (silikagelové magnetitové partikule SiMAG - Carboxyl, Chemicell, Německo). AHT nosič s danou vazebnou kapacitou (26.8 nmol/mg nosiče) byl testován s modelovým peptidem, lidským neurotensinem, a výsledná MS spektra potvrdila funkčnost tohoto postupu.	Anhydrotrypsin, Magnetické částice, Shotgun proteomika, Tryptické peptidy
eng	Bioaffinity magnetic reactor for peptide digestion followed by analysis using bottom-up shotgun proteomics strategy	We report an efficient and streamlined way to improve the analysis and identification of peptides and proteins in complex mixtures of soluble proteins, cell lysates etc. By using the shotgun proteomics methodology combined with bioaffinity purification we can remove or minimize the interference contamination of a complex tryptic digest and so avoid the time-consuming separation steps before the final MS analysis. We have proved that by means of enzymatic fragmentation (endoproteinases with Arg-C or/and, Lys-C specificity) connected with the isolation of specific peptides we can obtain a simplified peptide mixture for easier identification of the entire protein. A new bioaffinity sorbent was developed for this purpose. Anhydrotrypsin (AHT), an inactive form of trypsin with an affinity for peptides with arginine (Arg) or lysine (Lys) at the C-terminus, was immobilized onto micro/nanoparticles with superparamagnetic properties (silica magnetite particles SiMAG ? Carboxyl, Chemicell, Germany). This AHT carrier with a determined binding capacity (26.8 nmol/mg of carrier) was tested with a model peptide, human neurotensin, and the resulting MS spectra confirmed the validity of this approach.	Anhydrotrypsin, Magnetic microspheres, Shotgun proteomics, Tryptic peptides

Vyhledávání

Přihlášení pro studenty

Přihlášení pro zaměstnance

Publikace detail

Katedry

Ústavy a pracoviště

Jak nás najdete?

Služby

Často hledáte