Publikace detail

Identification of Coxiella burnetii surface-exposed and cell envelope associated proteins using a combined bioinformatics plus proteomics strategy

Autoři: Flores-Ramirez Gabriela | Jankovičová Barbora | Bílková Zuzana | Miernyk Jan A. | Skultety Ludovit

Rok: 2014

Druh publikace: článek v odborném periodiku

Název zdroje: Proteomics

Název nakladatele: Wiley-Blackwell

Strana od-do: 1868-1881

Tituly:

Jazyk	Název	Abstrakt	Klíčová slova
cze	Identifikace Coxiella burnetii povrchově exponovaných a buněčných obalových proteinů s využitím strategie kombinující bioinformatiku a proteomiku	Gram-negativní patogen Coxiella burnetii je intracelulární bakterie, která se replikuje v fagolysosomálních vakuolách eukaryotických buněk. Tento patogen může infikovat široké spektrum hostitelů, a je původcem Q horečky u lidí. Povrchově exponované proteiny a proteiny asociované s buněčnými obaly jsou považovány za důležité pro patogenezi a ochranu. V této práci navrhujeme doplňkovou strategii skládající se z (i) in silico predikce a (ii) proteomické analýzy pomocí tří obohacovacích přístupů spojených s identifikací proteinů. Účinnost klasického Triton X-114 fázového dělení byla porovnána se dvěma novými postupy; izolací alkalických proteinů pomocí kapalinové IEF, enzymatickým štěpením povrchu buněk pomocí biofunkcionalizovaných magnetických kuliček. Z 2026 proteinových sekvencí analyzovaných pomocí sedmi různých bioinformatických algoritmů, 157 je považováno za vnější membránové proteiny (OMP) a/nebo lipoproteiny (LP). Pomocí tří obohacovacích protokolů jsme identifikovali 196 neredundantních proteinů, včetně 39 predikovaných OMP a/nebo LP, 32 neznámých nebo nedostatečně charakterizovaných proteinů a 17 efektorů sekrečního systému typu IV. Dále jsme identifikovali osm proteinů s moonlighting aktivitou, a několik proteinů zdánlivě okrajově spojených s integrovanými nebo kotvícími OMP a/nebo LP.	Bioinformatická predikce; Coxiella burnetii; Mikrobiologie; MS identifikace; Vnější membránové proteiny; Povrchově exponované proteiny; Proteiny asociované s buněčnými obaly
eng	Identification of Coxiella burnetii surface-exposed and cell envelope associated proteins using a combined bioinformatics plus proteomics strategy	The Gram-negative pathogen Coxiella burnetii is an intracellular bacterium that replicates within the phagolysosomal vacuoles of eukaryotic cells. This pathogen can infect a wide range of hosts, and is the causative agent of Q fever in humans. Surface-exposed and cell envelope associated proteins are thought to be important for both pathogenesis and protective immunity. Herein, we propose a complementary strategy consisting of (i) in silico prediction and (ii) inventory of the proteomic composition using three enrichment approaches coupled with protein identification. The efficiency of classical Triton X-114 phase partitioning was compared with two novel procedures; isolation of alkaline proteins by liquid-phase IEF, and cell surface enzymatic shaving using biofunctional magnetic beads. Of the 2026 protein sequences analyzed using seven distinct bioinformatic algorithms, 157 were predicted to be outer membrane proteins (OMP) and/or lipoproteins (LP). Using the three enrichment protocols, we identified 196 nonredundant proteins, including 39 predicted OMP and/or LP, 32 unknown or poorly characterized proteins, and 17 effectors of the Type IV secretion system. We additionally identified eight proteins with moonlighting activities, and several proteins apparently peripherally associated with integral or anchored OMP and/or LP.	Bioinformatic predictions; Coxiella burnetii; Microbiology; MS identification; Outer membrane proteins; Surface-exposed and cell envelope associated proteins

Vyhledávání

Přihlášení pro studenty

Přihlášení pro zaměstnance

Publikace detail

Katedry

Ústavy a pracoviště

Jak nás najdete?

Služby

Často hledáte