Publikace detail

Nalezení vhodného modelu pro popis reakce Taqman Real-Time PCR stanovení fytopatogenní houby Pyrenophora Teres v pletivech hostitele Hordeum Vulgare

Autoři: Leišová-Svobodová Leona | Meloun Milan

Rok: 2016

Druh publikace: ostatní - konference, koncert

Název nakladatele: Česká společnost chemická

Strana od-do: nestránkováno

Tituly:

Jazyk	Název	Abstrakt	Klíčová slova
cze	Nalezení vhodného modelu pro popis reakce Taqman Real-Time PCR stanovení fytopatogenní houby Pyrenophora Teres v pletivech hostitele Hordeum Vulgare	TaqMan real-time PCR je polymerázová řetězová reakce prováděná v uspořádání v tzv. reálném čase. Součástí reakce jsou primery, které uvozují úsek DNA, který je pomocí Taq polymerázy množen do detekovatelného množství. Detekce probíhá pomocí CCD kamery, která odečítá míru fluorescence při vlnové délce, kterou vyzařuje použitý zářič navázaný na 5´ konci tzv. TaqMan sondy. Tato sonda se na základě komplementarity váže do cíleného úseku DNA ohraničeného výše zmíněnými primery. Na 3´ konci osahuje tzv. zhášeč, kterému zářič předává energii, a proto není detekována fluorescence při sledované vlnové délce zářiče. Ve chvíli, kdy dojde k navázání primerů a polymeráza syntetizuje komplementární řetězec, dojde díky 5´- 3´exonukleázové aktivitě Taq polymerázy k degradaci sondy. Zářič a zhášeč se od sebe oddálí a energie zářiče již není zhášena, ale detekována jako růst fluorescence při sledované vlnové délce zářiče. Cyklus PCR, ve kterém hodnota fluorescence překročí hodnotu fuorescence pozadí se nazývá Ct hodnota a je programem odečítána pro vypočtení kalibrační křivky a další zpracování dat. Bylo a je snahou mnoha autorů matematicky popsat průběh reakce a bylo navrženo několik modelů: logistický model se 4 parametry1, logistický model s 5 parametry2, sigmoidální model3, Gompertzův model4 a Chapmanův model5. Cílem této práce bylo porovnat uvedené modely a zvolit ten nejlepší pro výpočet Ct hodnot pro navržení kalibrační křivky stanovení fytopatogenní houby Pyrenophora teres v pletivech hostitele. Jako nejvhodnější byl na základě kritérií AIC, MEP, s(e) a RSC zvolen logistický model s 5 parametry, kde parametr p1 představuje hodnotu fluorescence pozadí, parametr p2 je rozdíl mezi maximální hodnotou fluorescence dosaženou v průběhu reakce a hodnotou fluorescence na počátku reakce, parametr p3 představuje cyklus, v průběhu kterého dojde k dosažení poloviční hodnoty fluorescence a parametry p4 a p5 nemají přímý fyzikální smysl, popisují tvar reakční křivky.	Nalezení modelu; popis reakce Taqman; Real-Time; PCR; fytopatogenní; houba; Pyrenophora; Teres; Hordeum; Vulgare

Vyhledávání

Přihlášení pro studenty

Přihlášení pro zaměstnance

Publikace detail

Katedry

Ústavy a pracoviště

Jak nás najdete?

Služby

Často hledáte