Pracovníci skupiny mikrobiologie se podílí/podíleli na řešení řady projektů financovaných Grantovou agenturou ČR (GA ČR), Ministerstvem školství, mládeže a tělovýchovy (MŠMT), Ministerstvem zdravotnictví (MZ), Ministerstvem zemědělství (MZe), Ministerstvem průmyslu a obchodu (MPO), Technickou agenturou ČR (TA ČR), Evropskou unií (EU) – projekty evropských strukturálních fondů.
V letech 2024-2028 je ve skupině Mikrobiologie řešen projekt MZe Biologická ochrana ječmene během sladování (QL24010109).
