Kromě kateder a ústavů FChT UPCE v rámci vědecko-výzkumné činnosti spolupracujeme s několika pracovišti v České republice a na Slovensku:
- Farmaceutická fakulta v Hradci Králové, Katedra organické a bioorganické chemie, Univerzita Karlova
- Přírodovědecká fakulta, Katedra experimentální biologie, Univerzita Palackého v Olomouci
- Fakulta vojenského zdravotnictví, Katedra molekulární patologie a biologie, Univerzita obrany
- Ústav experimentálnej farmakológie a toxikológie, Slovenská akadémia vied
- MEDILA, Laboratoře, Odběrové centrum Pardubice
- Pardubická nemocnice, Kardiologie
