Ústav vznikl v roce 2009 spojením dvou pracovišť - Katedry chemického inženýrství a Ústavu ochrany životního prostředí. V rámci ústavu pak vznikla dvě oddělení:Oddělení chemického inženýství Oddělení ochrany životního prostředí Laboratoře a servisní pracoviště Přístrojové vybavení
