Laboratoře ústavu jsou vybaveny obvyklým laboratorním vybavením pro uskutečňování organické syntézy jako jsou rotační vakuové odparky, elektromagnetická míchadla s ohřevem, horkovzdušné pistole, sušárny, linky vakuum-inert apod. K separaci a analýzám připravených a studovaných látek a materiálů pracoviště disponuje níže uvedeným přístrojovým vybavením.
NMR přístroj Bruker AVANCE III 400
NMR přístroj Bruker Ascend 500 (s kryosondou a sondou pro měření pevných vzorků)
NMR přístroj Bruker Ascend 500 (s kryosondou)
NMR přístroj Nanalysis NMReady 60PRO (s permanentním magnetem)
polarimetr Perkin Elmer Polarimeter Model 341
FT-IR spektrometr Nicolet iS50 s volitelným FT-Ramanovým nástavcem
sestava GC/EI-MS: Agilent Technologies 6890N / Network MS detector 5973
sestava GC/EI-MS: Agilent 7890B Series GC Custom / 5977B EI MSD Bundle
hmotnostní spektrometr HR-MALDI-MS LTQ Orbitrap XL (Thermo Fisher Scientific)
UV/Vis spektrofotometr Hewlett-Packard 8453
UV/Vis spektrofotometr Agilent 8453
UV/Vis spektrofotometr Scinco S-3100
UV/Vis spektrofotometr PE Lambda 40
UV/Vis spektrofotometr Applied Photophysics SX.18MV-R Stopped-Flow (pro sledování rychlých reakcí)
spektrofluorimetr Duetta (Horiba Scientific)
fluorescenční spektrofotometr PTI Quantamaster 3
automatický analyzátor elementárního složení Flash 2000 CHNS
diferenční skenovací kalorimetr Mettler-Toledo STARe System DSC 2/700 opatřeným keramickým senzorem FRS 6 a chladícím systémem HUBER TC100-MT RC 23
Chromatotron model 7924 T (T-Squared Technology)
preparativní „Flash“ chromatograf Büchi Reveleris® X2 s UV–vis/ELSD detektorem
mikrovlný reaktor Milestone-MicroSYNTH
pH-metr Thermo Scientific ORION STAR A211
kapalinový chromatograf Deltachrom T s UV-VIS detekcí (SYKAM S 3210) a fluorescenční detekcí (JASCO FP-2020 Plus)
kapalinový chromatograf WATREX s UV-Vis (SYKAM S 3240) vybavený chirálními kolonami (Daicel)
hmotnostní spektrometr Thermo Scientific LCQ fleet s ESI a APCI ionizací, s možností MSn experimentů
dávkovací zařízení pro provádění reakcí v průtočném uspořádání Syrris Asia
integrovaný potenciostat ER466 (eDAQ) s tříelektrodovou celou a sadou elektrod.
lyofilizátor CoolSafe 55-4 Pro
odparky Heidolph Laborota
bodotávky Buchi B-540
refraktometry Krüss AR4
